Die Gegend um Michelhausen war seit frühester Zeit Siedlungsgebiet. In den heutigen Schottergruben wurden Funde aus der Stein- und Bronzezeit ans Tageslicht befördert. Zahlreich waren die Funde aus der Römerzeit.

Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes an der Perschling gab es in einer Schenkungsurkunde an das Kloster St. Emmeran in Regensburg aus dem Jahre 834.

Der Name Michelhausen (großes Haus) schien zum ersten Mal im Jahre 1252 in einer Urkunde auf.

Die Türken durchstreiften während der Belagerungen von Wien, 1529 und 1683, das Tullnerfeld und richteten große Schäden an. Marterl erinnern an diese Zeit.

Auch die ansteckende Pestkrankheit suchte die Gegend heim und forderte viele Todesopfer.

Um das Jahr 1800 brachten die Franzosenkriege wieder Unheil über unser Gebiet. Im Jahre 1850 entstanden die heutigen Gemeinden in unserem Land. Zum ersten Mal wurde ein Bürgermeister gewählt.

Im ersten Weltkrieg (1914-1918) wurden auf dem Mitterberg Stellungen zum Schutz der Tullner Donaubrücke errichtet. Über 1000 Arbeiter aus Polen, Rumänien und Italien waren tätig.

Fürchterliche Schäden hinterließ der zweite Weltkrieg durch die Bombenangriffe. Besonders arg wurde der Ort Rust betroffen.

1972 wurden die Gemeinden Michelhausen und Rust zur Großgemeinde Michelhausen vereinigt. 1974 beschloss der Landtag, Michelhausen zur Marktgemeinde zu erheben. Am 25. Mai 1975 überreichte der damalige Landeshauptmann die Urkunde dem Bürgermeister auf dem Hauptplatz von Michelhausen.

Im Gemeindegebiet entsteht derzeit im Zuge der Errichtung der Hochleistungsstrecke der neuen Westbahn von Wien nach St. Pölten der Regionalbahnhof Tullnerfeld. In einigen Jahren wird man von diesem Bahnhof aus Europa bereisen können.